厦门大学人类学研究中心成立于2006年，是福建省人文社会科学重点研究基地之一。第一任中心主任是石奕龙教授，副主任董建辉教授、黄向春副教授。2013年，董建辉教授担任中心主任，刘家军副教授为中心副主任。2010年9月26日入选福建省人文社会科学重点研究基地，2014年获评为福建省人文社会科学重点研究基地优秀基地。

厦门大学人类学研究中心传统研究方向主要有三个：（1）文化人类学、民族学；（2）历史人类学；（3）考古人类学。

近年来，中心在注重人类学学科建设的整体均衡发展、保持传统研究领域继续在国内领先的同时，尤其注重中国东南地区的人类文化发展与保护诸问题，如闽南人、客家人、台湾高山族等的族群与区域文化，闽台地区族群关系与文化、历史源流，海外华人华侨的各种社会实践，区域与地方宗教（比如闽台城隍及地方祖师的信俗本土化特征）、仪式，民俗文化，文化遗产学与旅游人类学，历史人类学与东南区民族文化与历史等方面的研究。中心已完成国家社科基金重大委托项目 "中华南方民族的起源及形成"(2005-2009)，目前承担国家社科基金重大项目“多学科视角下的南岛语族的起源与形成研究”、国家社科基金重点项目“我国少数民族文化产业发展研究”、国家社科基金一般项目“闽南祖庙在台湾分支结构的中国结与祖国认同研究”和国家社科基金重大项目“台湾原住民族群关系研究”及其滚动资助项目等课题研究。